La durée de stockage doit être la plus courte possible. De plus, de bonnes conditions de stockage sont déterminantes pour la qualité de lhuile. Le stockage des olives demeure néanmoins une phase critique. En effet, laltération de lhuile est causée par des phénomènes dhydrolyse et de lipolyses enzymatiques ou microbiennes. Il faut donc prendre grand soin des olives et les stocker en couche mince dans un endroit aéré et à labri de la lumière.

Les huiles produites sont stockées en lots différents (lot de production), dans des tanks de stockage, généralement selon leurs caractéristiques qualitatives (acidité, IP, Absorbances en UV, etc.) ou en se basant sur leur origine géographique.