Aunque desde el punto de vista de la producción de aceites de calidad la práctica del atrojado es totalmente rechazable, sí se podría realizar en aquellas partidas de aceitunas en las que no ha existido separación de frutos de vuelo o suelo, o bien se trata de frutos con defectos iniciales graves.

Antes de almacenar una partida de aceite se deben realizar controles de los parámetros de calidad tanto químicos como sensoriales, para su clasificación por calidades.

La trazabilidad real y eficiente debe realizarse tanto en el campo, es decir, en la finca donde se cultiva la planta y se produce el aceite, como en la almazara, donde el producto se transforma y desde donde posteriormente se comercializa, bien mediante partidas a granel, bien mediante envasado de lotes.